Jangan pakai/pilih webcache (seperti varnish). Semestinya nginx-proxy pakai microcache dengan nilai 10 detik dan berurusan dengan file php.
Kalau soal css/js itu diluar pengaturan.
Biasanya website ada pengaturan yang diletakkan di .htaccess, misalnya:
<IfModule mod_expires.c>
ExpiresActive On
ExpiresByType image/x-icon "access plus 1 month"
ExpiresByType image/gif "access plus 1 month"
ExpiresByType image/png "access plus 1 month"
ExpiresByType image/jpg "access plus 1 month"
ExpiresByType image/jpeg "access plus 1 month"
ExpiresByType text/css "access plus 1 month"
ExpiresByType application/pdf "access plus 1 month"
ExpiresByType text/x-javascript "access plus 1 month"
ExpiresByType application/x-shockwave-flash "access plus 1 month"
ExpiresByType image/x-icon "access plus 1 year"
ExpiresDefault "access plus 1 week"
</IfModule>
Anda harus ubah nilai ini. Secara umum ini adalah yang direkomendasikan.